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2016年2月1日科技部、財政部、國家稅務總局聯(lián)合頒布《高新技術企業(yè)認定管理辦法》（國科發(fā)火〔2016〕32號），2016年6月29日頒布《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號），2016年是實行新認定辦法的第一年，在緊張的申報期限和對申報資料的摸索中，2016年度高新技術企業(yè)認定工作已全面結束，從目前科技、稅務及財政部門前期審查工作來看，今年的高新技術企業(yè)認定工作存在以下7大問題： 

1、高新技術企業(yè)取消復審，加強年度企業(yè)狀況審核 
    2016年6月29日頒布《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》，在通知中明確：原《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2008〕362號）、《關于高新技術企業(yè)更名和復審等有關事項的通知》（國科火字〔2011〕123號）同時廢止?！陡咝录夹g企業(yè)認定管理辦法》（國科發(fā)火〔2016〕32號）第九條：通過認定的高新技術企業(yè)，其資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年。2016年以后申請的高新技術企業(yè)有效期為三年，在三年內(nèi)滿足高新技術企業(yè)申報要求可享受稅收優(yōu)惠，應每年5月底前在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產(chǎn)權、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表。 

    2、財政部門加強了對審計中介機構的審核力度 
    《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號）中明確規(guī)定：中介機構要具備獨立執(zhí)業(yè)資格，成立三年以上，近三年內(nèi)無不良記錄；承擔認定工作當年的注冊會計師或稅務師人數(shù)占職工全年月平均人數(shù)的比例不低于30%，全年月平均在職職工人數(shù)在20人以上。 
    該項審核工作由各地區(qū)的財政部門負責，財政部門在審核過程中各地區(qū)要求也不盡相同，例如部分地區(qū)需要提供中介機構當年的社保清單，退休注冊會計師提供退休證書，審核嚴格的地方還需要進入國家注冊會計師網(wǎng)站系統(tǒng)進行數(shù)據(jù)審核，并提供注協(xié)開具的事務所無違章情況說明，但因江蘇省注冊會計師協(xié)會發(fā)布文件（蘇會協(xié)[2016]11號）明確規(guī)定：申請開具有關事務所和個人的懲處情況、收入情況、人員情況等證明時，省市注冊會計師協(xié)會原則上不再出具相關證明。 

    3、稅務部門加強對企業(yè)財務核算和加計扣除審核情況 
    2015年11月2日，財政部、國家稅務總局、科學技術部聯(lián)合發(fā)出《關于完善研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅〔2015〕119號）要求企業(yè)應按照國家財務會計制度要求，對研發(fā)支出進行會計處理；同時，對享受加計扣除的研發(fā)費用在研發(fā)項目立項時應設置研發(fā)支出輔助賬，準確歸集核算當年可加計扣除的各項研發(fā)費用實際發(fā)生額，研發(fā)支出輔助賬由企業(yè)留存?zhèn)洳?。《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2016〕195號）中明確規(guī)定：企業(yè)應按照“企業(yè)年度研究開發(fā)費用結構明細表”設置高新技術企業(yè)認定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目，提供相關憑證及明細表，并按本《工作指引》要求進行核算。在此項規(guī)定要求企業(yè)財務核算清晰，要求有憑有據(jù)，并在稅務部門檢查時，重點檢查企業(yè)研發(fā)費用加計扣除情況，部門企業(yè)因準備倉促，申報當年再去規(guī)劃調(diào)整研發(fā)項目和經(jīng)費，造成部分年份未能進行加計扣除，此項稅務都要求做出合理解釋。 
稅務部門不光要求研發(fā)費用賬內(nèi)核算規(guī)范，還需要企業(yè)提供輔助核算明細賬作為檢查依據(jù)，還包括研發(fā)費用是否達到比例要求、科技人員占比、高新技術產(chǎn)品（技術服務）收入確認等項目審核。

    4、企業(yè)知識產(chǎn)權情況 
    高新技術企業(yè)將知識產(chǎn)權進行了分類打分，將發(fā)明專利、植物新品種、農(nóng)作物品種、新藥、中藥保護品種、集成電路等劃為Ⅰ類；實用新型、外觀設計、軟件著作權等（不含商標）劃為Ⅱ類，且Ⅱ類知識產(chǎn)權僅限使用一次。在知識產(chǎn)權評分中Ⅰ類分數(shù)占比較大，還考察專利技術的先進性，對主要產(chǎn)品（服務）在技術上發(fā)揮核心支持作用，數(shù)量，獲得方式。 

    5、企業(yè)科技成果轉化情況 
    新的工作指引對科技成果轉化形式做了新的要求，不再是以前光看數(shù)量就能拿分，成果轉化形式包括：自行投資轉化；轉讓技術成果；許可使用科技成果；共同實施轉化；作價投資、折算股份或者出資比例等形式。 
企業(yè)要通過編制成果轉化匯總表及成果逐項說明將企業(yè)科技成果展現(xiàn)在技術專家面前，在此項過程中一定要將成果的核心描寫出來，還要將成果與產(chǎn)品的關聯(lián)性描述清楚。 

    6、企業(yè)研發(fā)組織管理水平情況 
    新的工作指引將研發(fā)組織管理更加精細化，強調(diào)實質(zhì)大于形式，以多種激勵方式促進企業(yè)研發(fā)管理規(guī)范。 
    （1）制定了企業(yè)研究開發(fā)的組織管理制度，建立了研發(fā)投入核算體系，編制了研發(fā)費用輔助賬； 
    （2）設立了內(nèi)部科學技術研究開發(fā)機構并具備相應的科研條件，與國內(nèi)外研究開發(fā)機構開展多種形式產(chǎn)學研合作； 
    （3）建立了科技成果轉化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)平臺； 
    （4）建立了科技人員的培養(yǎng)進修、職工技能培訓、優(yōu)秀人才引進，以及人才績效評價獎勵制度。 

    7、企業(yè)財務增長情況 
    新的工作指引要求在評審中加入財務專家，主要對企業(yè)凈資產(chǎn)增長率、銷售收入增長率進行綜合評價，但在高企申報書中明確填列近三年企業(yè)利潤總額，在評審過程中，企業(yè)是否盈利也會成為評審的一個關鍵點，另外財務數(shù)據(jù)是否與企業(yè)納稅一致，該項變化極大影響了企業(yè)的評分。

來源：高新技術企業(yè)認定資訊